生态系统的物质循环是指无机化合物和单质通过生态系统的循环运动，可以用库和流通两个概念来加以概括。生态系统的物质循环可分为三大类型：水循环、气体型循环、沉积型循环。
人类对于生态物质循环的干预
人类燃烧矿物燃料以获得能量时，产生大量的二氧化碳。从1949年到1969年，由于燃烧矿物燃料以及其他工业活动，二氧化碳的生成量估计每年增加4.8%。其结果是大气中二氧化碳浓度升高。这样就破坏了自然界原有的平衡，可能导致气候异常。矿物燃料燃烧生成并排入大气的二氧化碳有一小部分可被海水溶解，但海水中溶解态二氧化碳的增加又会引起海水中酸碱平衡和碳酸盐溶解平衡的变化。
与此同时，如果工业固氮量继续高速增长，而反硝化作用（也称脱氮作用）的增加速度又跟不上的话，那么全球的氮循环平衡就可能受到越来越大的压力。