一、人文社会科学面对的是有意义关系的事物
它既要研究共同性和普遍性，又要研究个殊性，它不但无法排除而且要研究偶然性、研究意义和价值，同时，它的研究主体与客体之间也并非像自然科学那样是人与物之间不能沟通只能说明的单向度关系，而是人与人之间可以沟通理解的双向互动关系。虽然它们从一开始就与自然科学、理论科学和独立科学有着“扯不断、理还乱”的情意结，甚至有着在“科学”层面上的某种同一性或亲缘关系，但是，这一切都并不否认其应时而生、发展壮大以及其对科学概念演变至今的丰富涵盖所作的特殊贡献。在研究方法上，人文社会科学借鉴和参照了自然科学的一些实证做法，但它又有着完全不同于自然科学的研究对象、研究方法和研究道路。在科学的发展史上，它与自然科学一道，共同支撑起完整的科学“大厦”，从而为人类科学事业的繁荣和昌明发挥着自身独特的无可替代的作用。
二、人文社会科学具有双重属性和双重功能
双重属性系指科学性和价值性，双重功能系指科学认识功能和意识形态功能。一方面，它必须从客观事实出发，秉执科学的原理和法则，按照科学的逻辑和程序，运用科学的手段和方法，进行科学的认识和实践，从而得出科学的结论，以保持科学的理论品格，实现科学的认识功能。另一方面，它又以人类自身的文化现象和社会现象为研究对象，因而不可避免地要承担意识形态功能。所谓人文社会科学的意识形态功能，是指其在坚持科学性的前提之下，自觉地维护一定的价值观念和社会利益。如果说自然科学研究自然界，研究事物界必然的因果关系，研究普遍性和共性，排除偶然性、意义和价值的话，那么人文社会科学则研究人界、人及其创造和表达，它不仅要寻求普遍的、共同的规律，而且也研究偶然性和特殊性，并具有价值性。概言之，人文社会科学既是事实科学又是价值科学，是客观和主观、真理和价值、事实和规范相汇通相统一的科学。
三、人文科学具有滞后性或后起性
19世纪，实证主义的科学哲学家孔德，按照研究方法将科学由低级到高级的发展经历描划为神学、形而上学和实证三个阶段，并藉以指出，数学称得上是所有科学的皇后，最为严密完整，物理学已达到实证水平，生物学已进入形而上学阶段，而社会学则还处于神学阶段。当今世界虽然早已不是孔德所处的时代，人文社会科学更是获得了空前的发展，但无论研究手段方法还是研究成果水平，都还滞后于自然科学。爱因斯坦在分析物理学与实在的关系时，也曾对科学理论的层次性作过一段精辟的阐述。他指出，科学理论可以分为三级体系，第一级体系是由科学用到的全部原始概念，即那些同感觉经验直接联系的概念以及联系这些概念的命题所组成的经验知识体系，这种体系的组合还带有较大的随便性，属于低等级低水平的体系。第二级体系是由第一级体系中的原始概念和原始关系按照一定的逻辑规则推导出来的数目较少的概念和关系的一般理论知识体系，这一级体系的建构具有较高的逻辑统一性。第三级体系是由第二级体系中的少数基本概念和关系按照严密的逻辑规则推导出来的科学公理体系，它在更深的层次上更加集约和概括地反映了事物的本质和全部，因而离现象世界也更远。任何一门科学，从初建到成熟，大致都要经历这三个阶段，由第一阶段向第二阶段的跃升，沿着归纳的路线，属于粗放型的经验科学形成过程；由第二阶段向第三阶段的跃升，沿着演绎的路线，属于成熟型的理论科学的形成过程。相对而言，现代人文社会科学研究中的绝大多数还大致处于前者水平，而自然科学中的绝大部分研究则已达及后者的高度。
综上所述，人文社会科学是以人、人类社会为研究对象的科学，与自然科学相比，它具有典型的人文特质和社会品性：既具有客观性又具有主观性，既具有事实性又具有价值性，既具有真理性又具有功利性（或者说既具有认识世界的功能又具有意识形态的功能），既具有普遍性又具有个殊性，既具有必然性又具有偶然性，既具有理论性又具有规范性，既具有基础性又具有应用性，既具有实证性又具有实地性，等等。可以说，综合性是其作为科学之最根本的特性。
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